Σκοποί της Εταιρείας είναι:
1) Η μελέτη, η έρευνα και η διάδοση της προϊστορικής αρχαιολογίας του ελλαδικού - και εν γένει αιγαιακού - χώρου, των όμορων περιοχών, καθώς και όσων περιοχών συνδέονται ιστορικά με αυτόν, από την Παλαιολιθική περίοδο έως και την Εποχή του Χαλκού, και, συγκριτικά, στους ιστορικούς χρόνους.
2) Η προβολή και η ανάδειξη της προϊστορικής πολιτιστικής κληρονομιάς του αιγαιακού χώρου στην Ελλάδα και στο εξωτερικό.
3) Η συμβολή στην έρευνα και την εκπαίδευση αναφορικά με το προϊστορικό αιγαιακο υπόβαθρο.
4) Η ενίσχυση των σχέσεων μεταξύ προϊστορικών μνημείων και πολιτών.
5) Η συμβολή στην προστασία των προϊστορικών μνημείων πάντα σε συνεργασία με τους εκάστοτε αρμόδιους, κατά το νόμο, φορείς.
6) Η ενίσχυση της έρευνας καιμελέτης των προϊστορικών γραφών και ειδικότερα της Γραμμικής Β.
7) Η προώθηση διεπιστημονικών συνεργασιών και ειδικοτήτων της αιγαιακής αρχαιολογίας, όπως ενδεικτικά η οστεοαρχαιολογία, η αρχαιοβοτανική, η αρχαιοζωολογΐα και η γεωαρχαιολογία.
Μέσα
Προς επίτευξη των παραπάνω σκοπών, η Εταιρεία μπορεί να κάνει χρήση κάθε νόμιμου μέσου, όπως ενδεικτικά:
1. Η δημιουργία δίγλωσσης ιστοσελίδας (website) (στα ελληνικά και στα αγγλικά), στην οποία θα παρουσιάζεται το έργο της Εταιρείας. Η ιστοσελίδα της Εταιρείας μπορεί να περιέχει και την προσωπική σελίδα του/της κάθε Εταίρου, εάν αυτός/ή το επιθυμεί, με το βιογραφικό του/της, περίληψη της διατριβής του/της, ή άλλων μονογραφιών κ.τ.λ. Στην ιστοσελίδα της Εταιρείας μπορεί να γίνονται και συζητήσεις σχετικές με την προϊστορική αρχαιολογία, παρουσιάσεις, κριτικές νέων βιβλίων και άρθρων, πληροφορίες για σεμινάρια, συνέδρια κ.τ.λ.
2. Η έκδοση πολύγλωσσου περιοδικού με αντικείμενο την προϊστορική αρχαιολογία του Αιγαίου.
3. Η έκδοση επιστημονικών δημοσιευμάτων (διατριβών ή άλλων μονογραφιών) για το προϊστορικό Αιγαίο, στα ελληνικά και σε άλλες γλώσσες.
4. Η δημιουργία ηλεκτρονικής βάσης βιβλιογραφικών δεδομένων με τους τίτλους δημοσιεύσεων για την προϊστορική αρχαιολογία του Αιγαίου, από τον 15ο αιώνα μ.Χ. και εξής.
5. Η δημιουργία ψηφιακής βιβλιοθήκης με δημοσιεύσεις για το προϊστορικό Αιγαίο, των οποίων τα πνευματικά δικαιώματα έχουν λήξει.
6. Η δημιουργία βιβλιοθήκης διατριβών για το προϊστορικό Αιγαίο, και ευρετηρίου σχετικών διατριβών, που έχουν εκπονηθεί στην Ελλάδα και στο εξωτερικό.
7. Η ετήσια συνδρομή της Εταιρείας σε ηλεκτρονικά περιοδικά.
8. Η διοργάνωση επιστημονικών συναντήσεων (συνεδρίων, ημερίδων, σεμιναρίων, διαλέξεων, εκθέσεων και άλλων εκδηλώσεων, εκδρομών κ.λ.π.) με αντικείμενο το προϊστορικό Αιγαίο.
9. Η δημιουργία βιογραφικού λεξικού των σημαντικότερων Ελλήνων και ξένων αρχαιολόγων του προϊστορικού Αιγαίου.
10. Η δημιουργία λεξικού αιγαιακών προϊστορικών χώρων και μνημείων.
11. Η δημιουργία ολοκληρωμένης γραμματοσειράς (True Type Fonts) για τη Γραμμική Α και Β.
12. Η δημιουργία φωτογραφικού αρχείου κινητών προϊστορικών ευρημάτων, ακινήτων μνημείων και αρχαιολογικών χώρων, καθώς και οστεοαρχαιολογικοϋ, αρχαιοβοτανολογικού και αρχαιοζωολογικού υλικού.
13. Η εκπόνηση ερευνητικών προγραμμάτων σε συνεργασία, με άλλους αρμοδίους φορείς και με Πανεπιστημιακά και Μορφωτικά Ιδρύματα της Ελλάδας και του εξωτερικού.
14. Η ψηφιακή ανασύσταση προϊστορικών αρχαιολογικών χώρων και μνημείων (εικονικές αναπαραστάσεις), για την καλύτερη κατανόηση και ερμηνεία τους και την ευκολότερη πρόσληψή τους.
15. Η αναζήτηση υποτροφιών και άλλης οικονομικής ενίσχυσης για μεταπτυχιακούς, υποψήφιους διδάκτορες, και νέους ερευνητές, των οποίων το ερευνητικό έργο σχετίζεται με την προϊστορική αρχαιολογία του Αιγαίου.
16. H δημιουργία και ο εξοπλισμός χώρου που θα φιλοξενεί τις δράσεις της Εταιρείας.
17. Κάθε εν γένει επιστημονική, πνευματική και κοινωνική δραστηριότητα που προωθεί τους σκοπούς της Εταιρείας, τη δημιουργία τεχνικής και οικονομικής υποδομής, και την ανάπτυξή της.